สาขาวิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มีพันธกิจในการฝึกอบรมแพทย์ ประจำบ้าน (แผน ก) และแพทย์ใช้ทุน (แผน ข) เพื่อเป็นจักษุแพทย์ที่มีความรู้ความสามารถในเวชปฏิบัติตามมาตรฐานผู้มีความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรมสาขาจักษุวิทยา และมี “คุณภาพคู่คุณธรรม โดยยึดถือประโยชน์ของเพื่อนมนุษย์เป็นกิจที่หนึ่ง” ทั้งนี้หลักสูตรได้กำหนดพันธกิจอยู่บนพื้นฐานความต้องการด้านสุขภาพของชุมชน สังคม และความต้องการของระบบบริการสุขภาพในภาคใต้
               สาขาวิชาให้การฝึกอบรมเพื่อพัฒนาผู้ฝึกอบรมไปสู่การเป็นผู้เชี่ยวชาญสาขาจักษุวิทยาที่มีความรู้ ความสามารถครอบคลุมเนื้อหาทั้งในด้านทฤษฎีและปฏิบัติทางจักษุวิทยา รวมถึงความสามารถด้านอื่นๆ ที่สำคัญ ได้แก่ ความสามารถทำงานตามหลักพฤตินิสัยและมารยาททางวิชาชีพ (professionalism) ความสามารถดูแลผู้ป่วยได้อย่างเหมาะสม มีประสิทธิภาพ มีความเอื้ออาทรและใส่ใจในความปลอดภัย โดยยึดถือผู้ป่วยเป็นศูนย์กลางบนพื้นฐานการดูแลแบบองค์รวม มีความสามารถในการปฏิบัติงานโดยไม่ต้องมีการกำกับดูแล มีเจตนารมย์และเตรียมพร้อมที่จะเป็นผู้เรียนรู้ตลอดชีวิต มีพฤติกรรมที่เหมาะสมต่อเพื่อนร่วมงาน ทั้งในวิชาชีพของตนเองและวิชาชีพอื่นๆ รวมทั้งผู้ป่วยและญาติ สามารถทำงานเป็นทีมร่วมกันเป็นสหสาขาวิชาชีพได้ มีความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับระบบสุขภาพของประเทศ ระบบพัฒนาคุณภาพการดูแลรักษาผู้ป่วย การใช้ทรัพยากรสุขภาพอย่างเหมาะสม การสร้างเสริมสุขภาพของประชาชน และ มีทักษะในการสร้างองค์ความรู้และแก้ปัญหาทางจักษุสาธารณสุขผ่านการวิจัย
               นอกจากนี้สาขาวิชายังให้ความสำคัญในการผลิตจักษุแพทย์เพื่อเป็นอาจารย์แพทย์ทั้งในระดับมหาวิทยาลัยและโรงพยาบาลศูนย์ประจำส่วนภูมิภาค เพื่อให้เกิดการพัฒนาศักยภาพทั้งในด้านการรักษาพยาบาลและการเรียนการสอนทางจักษุวิทยาในทุกระดับ ตลอดจนถึงการสร้างนวัตกรรมทางการศึกษา ที่เน้นกระบวนการเรียนรู้ที่เหมาะสมในการพัฒนาผู้เข้ารับการฝึกอบรมให้มีความสามารถจนพัฒนาไปสู่ความเป็นผู้ชำนาญการทางจักษุวิทยา และผู้มีส่วนร่วมในการกำหนดทิศทางระบบสุขภาพได้ต่อไปในอนาคต ทั้งนี้เพื่อตอบสนองความต้องการด้านจักษุสาธารณสุขอันจะก่อให้เกิดประโยชน์สูงสุดอย่างยั่งยืนต่อประเทศชาติส่วนรวม